En febrero del 2006 María Elena Sol presidenta de FUNDARRECIFE, ONG encargada del manejo de Los Cóbanos, se entera que la empresa Jordan S.A. de C.V. propietaria del Club de Playa las Veraneras, ha solicitado el permiso ambiental para la construcción de un embarcadero con capacidad de 128 embarcaciones en colindancia con el club de playa en la zona de Los Cóbanos. Dicho proyecto, según la empresa contribuiría al crecimiento turístico de la zona y constituiría fuente de empleo para los residentes locales. Por tratarse de un área propuesta como Área Natural protegida, María Elena solicita apoyo a la Universidad de El Salvador, para que presente argumentos científicos y técnicos al Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales para que se re considere el proyecto y no se otorgue el permiso. El proyecto es objetado por los pescadores locales, organizaciones ambientalistas y académicos de El Salvador y finalmente en noviembre del 2007, El Sistema arrecifal de Los Cóbanos se declara oficialmente Área Marina Protegida.
El sistema arrecifal de Los Cóbanos se ubica en el Departamento de Sonsonate entre 13° 12’ N y 89° 30’ 0 a 11 km al oriente del Puerto de Acajutla; posee una extensión de 20.600 hectáreas y se encuentra rodeado de playas, ríos, manglares y esteros. Investigadores nacionales y extranjeros han destacado la importancia ecológica, social y económica de Los Cóbanos por constituirse un corredor biológico entre la región de la costa occidental de México y Suramérica, haciendo posible el intercambio de fauna marina. De acuerdo al artículo 74 de la Ley de Medio Ambiente de El Salvador, "los manglares y los arrecifes son reserva ecológica" y no está permitido en ellos alteración alguna ( ver descripción del ecosistema en recursos). Este caso describe los eventos que llevaron a lograr la declaratoria.
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